当拿破仑称帝后，马塞纳于1804年被授于法国元帅，马塞纳对此感到有些意外，在接受旁人祝贺时，他显得没好气地说道:“元帅可是有14人来著!”但马塞纳的能力很快就证明拿破仑的眼光是对的。1805年马塞纳担任义大利战区司令，于维罗纳战役、卡尔迪耶罗战役接连战胜奥军，让卡尔大公疲于奔命，使其无法北上支援马克的部队以及库图佐夫率领的俄军，让拿破仑得以取得乌尔姆战役、奥斯特利茨战役等辉煌胜利。

1806年马塞纳奉命占领了那不勒斯王国，并残酷地镇压该地的反抗。1807年马塞纳负责指挥大军团的第五军，前往波兰作战。由于马塞纳的任务是防守华沙，因此他并未参与埃劳战役与弗里德兰战役。马塞纳在一次于枫丹白露举行的打猎中，一只眼睛意外被拿破仑一世射瞎，但在场的贝尔蒂埃对于这场意外坚持是自己的责任。

1808年由于里沃利战役中的功劳被封为里沃利公爵。1809年马塞纳担任进攻奥地利的先锋部队指挥官，在阿斯珀恩-埃斯灵战役中他率部先渡过多瑙河，坚守阿斯珀恩村直到拿破仑的主力抵达。在炮火连天的战场，马塞纳仍泰然自若，在接到撤退命令后，仍确保部队能够有序撤退，尽管法军战败，但马塞纳的表现仍可圈可点。六周后，马塞纳参与了瓦格拉姆战役，因不久前从战马摔落受伤，他不得不乘坐马车指挥部队。他灵活地指挥著法军左翼，战后因战功被封为埃斯林亲王。

在半岛战争中，拿破仑任命马塞纳为入侵葡萄牙的军团司令，尽管马塞纳对此百般不情愿，他因饱受风湿及肺病所苦，在部下眼里52岁的他像是年过60的老人。半岛战争期间的马塞纳已是老态龙钟，失去过往的活力与敏锐战术眼光，战役期间马塞纳甚至还带上了他的情妇，并将她伪装成一名龙骑兵军官。内伊元帅对他的领导相当不满，多次与其爆发冲突。

即便于1810年7月占领罗德里戈要塞，但不久之后，马塞纳在布萨库战役中受阻于英葡联军的英国将军威灵顿公爵。他试图将部队开往里斯本，却受阻于托雷斯韦德拉什防线，两方僵持了几个月。1811年，由于食物和供给缺乏，马塞纳不得不撤回到西班牙[2]。次年再继续遭遇失败后，被奥古斯特·德·马尔蒙所取代。拿破仑接见马塞纳时，以尖酸刻薄的口吻说道:“怎么著，埃斯林亲王，你已不再是过往的马塞纳了是吗?”即便马赛纳的健康状况不甚理想，他仍于1814年担任马赛军区司令，但并未再担任大型战役的指挥官。